Pembentukan Kabupaten Halmahera Tengah ditetapkan dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1990 tanggal 15 Agustus 1990 (Lembaran Negara Tahun 1990 Nomor 51) tentang Pembentukan Daerah Tingkat II Halmahera Tengah dan tepat tanggal 31 Oktober 1990 Halmahera Tengah resmi sebagai Kabupaten Dati II Halmahera Tengah oleh Menteri Dalam Negeri Rudini. Kabupaten Halmahera Tengah dengan 6 kecamatan yakni Tidore, Oba, Weda, Patani/Gebe, Maba dan Wasile.

Pada tanggal 25 Pebruari 2003 dikeluarkan Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2003 tentang pembentukan Kabupaten Halmahera Utara, Kepulauan Sula, Kabupaten Halmahera Timur dan Tidore Kepulauan di Provinsi Maluku Utara.

Setelah pemekaran berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 03 Tahun 2005 wilayah Kabupaten Halmahera Tengah yang beribukota Weda menjadi 6 Kecamatan yaitu Weda, Weda Utara, Weda Selatan, Patani, Patani Utara dan Gebe.