Secara umum perikanan budidaya dibagi atas tiga yaitu Budidaya Laut, Budidaya Air Payau dan Budidaya Air Tawar. Sampai saat ini optimalisasi dan produktivitas perikanan budidaya di Provinsi Maluku Utara masih rendah. Hingga tahun 2003 dicapai produksi sebesar 1.351,61 ton dimana produksi terbesar dicapai pada usaha budidaya laut sebesar 1.089,43 ton (80,60%) dari total produksi budidaya. Sedangkan produksi usaha budidaya payau sebesar 257,93 ton (19,08%), budidaya tawar 4,25 ton (0,31%). 

Pemetaan dan penataan kesesuaian lahan budidaya di Provinsi Maluku Utara belum dilakukan, namun demikian acuan kearah ini menjadi perhatian dan prioritas untuk mengidentifikasi peluang dan keunggulan komperatif yang dimiliki oleh kawasan-kawasan yang menjadi prioritas pengembangan perikanan budidaya dengan tetap memperhatikan aspek sosial ekonomi dan sosial budaya sebagai bagian dari pendekatan wilayah terpadu. Hingga kini pengembangan perikanan budidaya masih diarahkan untuk kawasan-kawasan prioritas, seperti Kabupaten Halmahera Barat, Halmahera Selatan, Halmahera Utara dan Kota Ternate. Untuk mendukung pengembangan kawasan sentra produksi perikanan budidaya, telah dibangun Balai Budidaya Ikan Pantai di Kecamatan Bacan Kabupaten Halmahera Selatan, dan Balai Budidaya Air Tawar di Kecamatan Jailolo Kabupaten Halmahera Barat. Demikian pula dengan kegiatan Intensifikasi Pembudidayaan Ikan pada Kecamatan Morotai Selatan, Galela, Tobelo, Jailolo, Wasilei dan Kayoa dengan komoditas unggulan seperti kerapu, rumput laut, udang, bandeng, ikan nila dan ikan mas. Potensi budidaya perikanan Provinsi Maluku Utara belum dimanfaatkan secara intensif dan peluang pengembangannya sangat besar bagi BUMN, Swasta, maupun mitra dan petani ikan.