Berdasarkan penjabaran Visi dan Misi, serta tujuan pembangunan tersebut di atas, Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Maluku Utara telah merumuskan dan menetapkan kebijakan program jangka menengah dan tahunan.  Kebijakan dan program yang telah ditetapkan akan terus dilakukan evaluasi kinerja dan efektivitasnya sebagai bahan evaluasi dan penyempurnaan seiring dengan perkembangan dan dinamika lingkungan strategis. 

Kebijakan

Sebagai bagian integral dari pembangunan nasional dan daerah, dasar kebijakan pembangunan perikanan dan kelautan adalah :

1. Undang-Undang No. 25 Tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional
2. Undang-Undang No. 31 Tahun 2004 tentang Perikanan
3. Peraturan Presiden No. 7 Tahun 2005 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Nasional (RPJMN) Tahun 2004 - 2009
4. Rencana Kerja Pembangunan Provinsi Maluku Utara Tahun 2005 - 2007
5.  Visi dan Misi Pembanguan Provinsi Maluku Utara Tahun 2003 - 2007

Berdasarkan uraian di atas, maka agenda pembangunan perikanan dan kelautan provinsi Maluku Utara mengarah pada :

Secara umum kebijakan pembangunan perikanan dan kelautan provinsi Maluku Utara adalah sebagai berikut :

1. Meningkatkan dan memperluas prasarana perikanan tangkap dan perikanan budidaya
2. Meningkatkan system pembina-an dan pelatihan teknis dan manajemen perikanan dan kelautan
3. Mendorong investasi dan memperkuat serta meng-embangkan industri penanganan dan pengolahan, serta pemasaran hasil perikanan
4. Meningkatkan kapasitas sarana dan stuktur usaha perikanan tangkap dan budidaya yang efisien dan berwawasan lingkungan
5. Memanfaatkan potensi sumber daya pesisir dan membangun pulau-pulau kecil secara berkelanjutan dan berbasis masyarakat
6. Meningkatkan dan meng-embangkan prasarana dan system pengawasan sumber daya perikanan dan kelautan berbasis masyarakat
7. Meningkatkan penelitian dan pengembangan IPTEK Kelautan dan Perikanan
8. Meningkatkan kepedulian dan keterlibatan publik terhadap pengelolaan dan pemanfataan

Sedangkan strategi pembangunan perikanan dan kelautan dalam rangka mewujudkan tercapainya tujuan serta sasaran pembangunan kelautan dan perikanan, strategi pembangunan yang ditempuh adalah:

1. Pembangunan perikanan dan kelautan dilaksanakan dengan transparansi dan akuntabilitas tinggi dalam rangka mewujudkan pemerintahan yang bersih dan berwibawa atau good governance dan clean government, yang tercermin dalam berbagai bentuk pelayanan publik dan pelaksanaan program dan kegiatan, untuk mencapai sasaran strategis jangka menengah.
2. Potensi perikanan dan kelautan diperuntukkan bagi sebesar-besarnya kesejahteraan rakyat, yang direfleksikan ke dalam berbagai regulasi yang berpihak kepada daerah dan diarahkan untuk dapat mengentaskan kemiskinan (pro-poor), menyerap tenaga kerja (pro-job) dan meningkatkan pertumbuhan ekonomi (pro-growth), serta peningkatan bisinis perikanan dan kelautan (pro bisinis).
3. Pembangunan perikanan dan perikanan dilaksanakan dengan memperhatikan prinsip-prinsip keadilan dan pemerataan antar wilayah pengembangan perikanan, mengurangi ketertinggalan dan kesenjangan serta prioritas pengembangan pulau-pulau kecil sebagai basis masyarakat perikanan yang masih tertinggal