Selain program unggulan yang telah ditetapkan oleh Dinas Perikanan dan Kelautan Propinsi Maluku Utara, ditetapkan juga beberapa program penunjang yang dimaksudkan untuk mempercepat pencapaian tujuan dan sasaran pembangunan perikanan dan kelautan di propinsi Maluku Utara.  Program penunjang yang dimasudkan antara lain

1.      Inventarisasi Sumber Daya

Inventarisasi  potensi  sumberdaya  alam dan  sumberdaya  buatan  (man-made) sangat penting dalam merumuskan program pembangunan perikanan dan kelautan di propinsi Maluku Utara, karena dapat memberikan informasi yang jelas mengenai keadaan sumberdaya dan distribusinya.  Selanjutnya informasi tersebut dipakai sebagai data base dalam merumuskan rencana dan strategi pengelolaannya.

Inventarisasi potensi sumberdaya merupakan salah satu program sektor perikanan dan kelautan yang ditujukan untuk mengembangkan kualitas dan kuantitas data base mengenai potensi, kawasan potensi dan daya dukung lingkungan.  Dengan memanfaatkan hasil kajian dan riset berskala lokal maupun nasional, serta hasil pemetaan citra satelit, maka program inventarisasi potensi ditujukan sebagai berikut :

• Menyediakan data base sumberdaya perikanan dan kelautan secara menyeluruh
• Menyediakan data base kawasan-kawasan potensi dan kawasan-kawasan non potensi
• Identifikasi potensi dan profil investasi pemanfaatan sumberdaya perikanan dan kelautan.

2.   Deregulasi Peraturan dan Kebijakan

Dengan adanya UU No. 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah dan UU No. 31 tentang Perikanan, maka arah kabijakan deregulasi perikanan dan kelautan sebagai berikut :

• Salah satu yang sering dikeluhkan oleh investor ataupun calon investor secara umum adalah ruwetnya birokrasi perizinan dan banyaknya aturan hukum yang membingungkan sehingga menciptakan ekonomi biaya tinggi, dimana pengeluaraan biaya transaksi (transaction cost) menjadi mahal. 
• Dalam  menunjang peluang dan menciptakan iklim investasi adalah adanya paket insentif dan disinsentif termasuk salah satu daya tarik minat usaha dan investasi
• Segala bentuk perizinan usaha dan investasi seyogyanya melalui satu badan/instansi untuk memudahkan koordinasi, integrasi dan sinkronisasi
• Melakukan pengaturan, pengendalian dan penerbitan perizinan di bidang perikanan sesuai dengan UU No. 31 tahun 2004 tentang perikanan dan peraturan/ketentuan lainnya yang berlaku, serta menyesuai PERDA yang teintegratif.

3.   Introduksi Teknologi dan Input Produksi

Keterbatasan teknologi dalam bidang perikanan tangkap, budidaya dan pengolahan merupakan faktor teknis yang mempengaruhi nilai dan volume produksi perikanan dan kelautan di propinsi Maluku Utara.  Teknologi penangkapan ikan masih terbatas dalam skala kecil (artisanal) belum dapat menjangkau perairan offshore sehingga produktivitas menjadi terbatas.  Demikian juga dengan perikanan budidaya dan pengolahan pada umumnya hanya dilakukan skala rakyat dengan kaet teknolgi yang bersifat tradisional secara langsung mempengaruhi kualitas dan kuantitas produksi.

Demikian juga dengan kondisi dan keterbatasan sarana produksi yang ada belum dapat mendorong upaya optimalisasi pemanfaatan sumberdaya perikanan. Oleh karenanya diperlukan penambahan dan kelancaran pengadaan produksi berbasis teknologi tepat guna merupakan introduksi pengembangan usaha.  Pengadaan input produksi yang diperlukan untuk menunjang kelancaran produksi antara lain bahan baku untuk pembuatan armada penangkapan ikan, bahan alat tangkap, es, bahan bakar  (minyak, solar, dan oli), suplai air tawar, konsumsi perbekalan, suku cadang dan perlengkapan lainnya. Strategi pengembangannya adalah sebagai berikut :

• Peningkatan jumlah dan kapasitas unit penangkapan, pengolahan ikan
• Pengembangan teknologi penangkapan, pengolahan  ikan
• Penggunaan alat bantu penangkapan yang efektif dan efisien (rumpon dan lampu)
• Pengembangan prasarana produksi yang bebar-benar sangat diperlukan, antara lain pabrik es, cold storage dan depot bahan bakar pada pusat-pusat pendaratan ikan
• Intensifikasi dan ekstensifikasi budidaya yang padat teknologi
• Introduksi teknologi pengolahan skala menengah dan modern

5.      Pengembangan Sistem Informasi Pasar dan Pemasaran

Dalam pengembangan kawasan-kawasan potensi dsan kawasan sentra produksi di propinsi Maluku Utara, aspek marketing diarahkan pada penciptaan networking serta upaya melakukan sosialisasi dan promosi keberadaan produk dari kawasan-kawasan utama dan kawasan penunjang.  Selain sosialisasi dan promosi kawasan, pengembangan marketing juga diarahkan pada pengembangan jaring kerja secara nasional dan internasional sehingga diharapkan pemerintah provinsi Maluku Utara mampu memberikan nilai tawar dan penyebarluasan informasi bagi komoditas perikanan dan kelautan serta dapat memberikan manfaat yang saling menguntungkan antara pelaku usaha kerjasam tersebut. 

Salah satu kendala utama yang dihadapi dalam aspek marketing adalah rendahnya bergaining position nelayan dalam melakukan transaksi hasil tangkapannya. Karena itu, dalam mengantisipasinya harus ada suatu lembaga mediasi nelayan dalam melakukan transaksi dan langkah-langkah advokasi dan pembinaan bagi nelayan untuk hal-hal yang berkaitan dengan manajemen usaha penangkapan ikan, mulai dari aspek teknis penangkapan, handling sampai pada teknik dan manajemen pemasaran, dan sebagai pusat informasi harga ikan.

Selain itu, adanya jaring kerjasama ini juga diharapkan mampu memberikan akses informasi untuk memperoleh peluang pasar regional, nasional, dan global. Oleh karena itu strategi pengembangan adalah sebagai berikut:

• Promosi komoditas unggulan dan kawasan sentra produksi dan ouput ungulannya,
• Pengembangan jaringan kerjasama yang sinergis dan mutualistik dengan berbagai pihak yang terkait (regional, nasional, dan global),
• Pengembangan akses informasi produksi dan harga serta pemasaran baik di dalam (domestic marketing) maupun luar negeri (international marketing),
• Meningkatkan bergaining position nelayan dalam melakukan transaksi harga produk hasil tangkapan.

6.      Pembinanan Standarisasi dan Akreditas Mutu Hasil Perikanan 

Guna mendukung pemasaran dan menjamin kuantitas dan kualitas komoditas perikanan dan kelautan propinsi Maluku Utara serta keberlanjutan pemasarannya, maka pengembangan dan pembinaan standarisasi dan akreditasi mutu hasil perikanan akan mampu menunjang agribisnis perikanan. Penekanan standar mutu sudah go international untuk menghadapi persaingan pasar bebas bahkan telah diatur dalam Code of Conduct of Reseponsible Fisheries (FAO, 1985) dan ketentuan-ketentuan standar internasional lainnya.  Oleh karena itu program pengembangan ini diarahkan untuk mencapai tujuan tersebut di atas, dengan strategi pengembangan  sebagai berikut:

•  Pembakuan standar dan sistem standarisasi mutuh hasil perikanan dengan berpedoman pada HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point)
• Perbaikan sistem produksi tangkapan
• Perbaikan sistem handling di atas kapal penangkap
• Perbaikan sistem pasca tangkapan termasuk penanganan pada pusat-pusat pendaratan dan pelabuhan perikanan serta pusat pendaratan ikan lainnya
• Meningkatkan pelayanan Laboratorium Pembinaan Mutu Hasil Perikanan (LPPMHP).
• Meningkatkan pengetahuan analisis pada laboratorium Laboratorium PPMHP Ternate.

7.     Kelembagaan dan Kemitraan Usaha Perikanan

Dengan mengacu pada semakin meningkatnya komoditas perikanan dan kelautan secara nasional maupun global, maka sektor perikanan akan memegang peranan sangat penting dalam perekonomian nasiopnal dan global.  Pengembangan pemasaran komoditas perikanan dan kelautan propinsi Maluku Utara mengacu pada sistem agribisnis, sehingga program ini menjadi salah satu sub sistem yang harus dikembangkan setara dengan sub sistem agribisnis perikanan lainnya.  Agribisnis perikanan dapat bergerak luas terutama pada bidang produksi, pengolahan dan pemasaran.

Hampir semua transaksi agribisnis di propinsi Maluku Utara diselenggarakan perseorangan, kelompok usaha ataupun perusahaan, dan terdapat 4 bentuk dasar, yaitu perusahaan perseorangan, persekutuan, perseroan dan koperasi, oleh karena itu agribisnis harus dikembangkan melalui pengembangan kelembagaan dan kemitraan usaha perikanan dan kelautan. Rencana tindak program pengembangan kelembagaan dan kemitraan agribsinis di propinsi Maluku Utara

A. Pembentukan Kelompok Usaha Bersama (KUB)

Kelompok usaha bersama diperlukan dalam rangka mengatasi problem produk perikanan yang mudah rusak, tidak kontinyu dan menyebar tidak merata.  Sehingga diperlukan biaya-biaya yang besar dalam proses pengumpulan dan pendistribusian.  Pembentukan KUB-KUB akan membentuk jaringan produksi dan pemasaran yang lebih besar, dan KUB-KUB ini akan terintegrasi dengan kelompok nelayan serta akan menjadi unit bagian koperasi agribisnis.

B. Pemantapan dan Pengembangan Koperasi Agribisnis

Secara konsepsional, koperasi harus tumbuh dari bawah (bottom up paroach) yang didasarkan atas kebutuhan untuk mewujudkan kepentingan bersama.  Akan tetapi dalam perkembangannya justru dimulai dari inisiatif pemerintah     (top down aproach) akibat kurangnya inisiatif masyarakat nelayan.  Dari kedua konsep ini muncul idea, yaitu keinginan yang tumbuh dari bawah yang didukung bimbingan dari atas.

C. Pembinaan Kemitraan, meliputi :

• Kemitraan antara perusahaan besar dibidang perdagangan hasil perikanan, coold storage, pabrik es, dan pengolahan ikan dengan perusahaan perseorangan atau  kelompok nelayan dengan memanfaatkan sarana dan prasarana perikanan

• Kemitraan antara pengusaha besar dapat berupa kerjasama sinergis antara teknis perbengkelan dengan usaha penangkapan ikan yang menggunakan kapal-kapal penangkapan

• Kemitraan antara usaha kecil yang kemudian dikembangkan ke arah pengelolaan hasil perikanan, seperti pengasapan, pengeringan, penggaraman, dan pengolahan skala kecil lainnya.

8.   Agroindustri

Program ini ditujukan untuk meningkatkan nilai produktif komoditi perikanan dan kelautan di propinsi Maluku Utara, oleh karena itu teknik pengolahan harus dikembangkan sesuai dengan permintaan pasar terhadap produk tersebut.  Teknologi pengolahan yang perlu dilakukan adalah mengembangkan dan memperbaiki teknologi pengolahan tradisonal dan industri berteknologi modern. 

Pengolahan harus menghasilkan produk yang hygienis dan memiliki peluang pasar.  Sedangkan industri moder diharapkan dapat menjaga standar sertifikasi mutu agar dapat bersaing dalam pasar domestik dan global. Namun demikian, rencana program pengembangan agroindustri didasarkan pada beberapa aturan sebagai berikut:

1. Sumberdaya perikanan dan kelautan di propinsi Maluku Utara cukup melimpah
2. Pasar potensial untuk komoditi perikanan dan kelautan propinsi Maluku Utara skala domestik berada di Manado, Makasar, Surabaya, dan Jakarta, dan skala internasional berada di Jepang, Cina dan Korea Selatan.
3. Sarana transportasi utama distribusi produk perikanan agroindustri tergantung pada transportasi laut yang memakan waktu cukup lama, dan transportasi udara memakan biaya cukup tinggi.
4. Nilai jual yang diperoleh nelayan dan pedagang perantara sangat ditentukan oleh kondisi komoditi perikanan dan kelautan.

Tujuan dari rencana program pengembangan agroindustri di provinsi Maluku Utara adalah sebagai berikut :

1. Meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan masyarakat nelayan
2. Meningkatkan pengetahuan dan ketrampilan masyarakat nelayan dalam bidang perikanan pengolahan
3. Mendorong terciptanya kelompok usaha agroindustri perikanan dan kelautan di kawasan-kawasan produktif.

Namun demikian pelaksaan program dan kegiatan pembangunan perikanan dan kelautan provinsi Maluku Utara dijabarkan secara spesifik dan bersifat tahunan dan menengah terdiri dari 6 program yang meliputi :

1. Pemberdayaan Masyarakat Nelayan, Pembudidaya Ikan dan Masyarakat Pesisir Lainnya
2. Pengelolaan dan Pengembangan Sumberdaya Perikanan Tangkap
3. Pengelolaan dan Pengembangan Sumberdaya Perikanan Budidaya
4. Peningkatan kapasitas SDM dan Kelembagaan Perikanan
5. Peningkatan Pengawasan dan Pengendalian Sumberdaya Perikanan dan Kelautan
6. Pengelolaan Sumberdaya Pesisir dan Pendayagunaan Potensi Pulau-Pulau Kecil secara Terpadu dan Berkelanjutan.